Istoria lui Stoianoglo la Procuratura Generală a fost marcată de o serie de controverse, care au afectat reputația sa și a instituției pe care a condus-o. Aceste evenimente au atras atenția asupra necesității de reformare a sistemului judiciar și de asigurare a transparenței în funcționarea instituțiilor de stat.
Deși Stoianoglo a fost scos de sub urmărire penală sau achitat în unele cazuri, numele său continuă să fie asociat cu scandaluri și acuzații. Acest lucru subliniază importanța unei investigații independente și obiective în contextul Republicii Moldova, unde corupția și abuzul de putere sunt probleme persistente.